Durante millones de años se fue generando la estructura geológica del coto minero. En su parte superior es donde encontramos las calizas del Aptiense del Cretácico Inferior en la que se aloja el yacimiento polimetálico cuya alineación principal es Noroeste- Suroeste, entre las Sierras del Aizkorri y Aralar. Sobre este área hubo diferentes pulsos tectónicos y una serie de fallas de orientación Norte- Sur rasgaron y hundieron la parte oriental del domo, haciendo desaparecer la plataforma carbonatada que la cubría. En un momento dado la parte central del Domo se fracturó y por estas fallas comenzó a ascender los minerales, entre los que destaca una gran cantidad de afloramientos de siderita.
En Mutiloa se explotaron principalmente dos filones denominados Barrenola y Troy de orientación E a O. El primero alcanzaba los 150 m de corrida con un espesor medio de 20 metros y 40 a 50 metros de altura. Además también era destacable una extensión considerable de tierra arcillosa con granos de mineral de hierro, que rellenaban cavidades irregulares en las calizas, conocidas con el nombre de chirteras.